Если Вы восстановление производили, то естественно у Вас что-то удалилось.
Восстановление до предыдущей точки работает таким образом, что текущие пользовательские данные сохраняются, а вот состояние программ откатывается на то время, когда была создана точка восстановления. Например у меня точка восстановления 1 сентября. Соответственно после отката до этой точки восстановления удалятся все программы, которые я ставил с 1 сентября по сегодняшний день и восстановятся все те программы, которые я удалял после 1 сентября, но которые на тот момент были.
При этом насколько мне известно, C:\ProgramData не затрагивается. Отсюда можно получить нехилую чехарду в принципе с любым ПО, не только с антивирусом.
Ну и как уже было сказано, АВ восстановление не переживает, поэтому если после восстановления не переставляли его, то переустанавливайте через ремувер.
Касательно бэкапа, никаких секретов. Акронис - клон диска. Свой системный SSD на подключаемый хард бэкаплю, когда количество изменений, внесенных на основной системе начинает вызывать подсознательных страх за их утерю. После бэкапа - отключил и на полку. От раза в неделю, до раза в месяц. Делов на 15 минут.
Акронис лицензионный (правда OEM помойму) на ebay можно спокойно купить за смешные деньги, ну там уже как найдете. Тоже самое к слову с виндой работает. Можно ОЕМ лицензию за недорого отхватить. Не реклама ebay. Но это уже оффтоп.