DoC, не надо объединять в кластер машины, находящиеся в разных филиалах. У кластера должна быть одна база на все сервера.
Zhmak, вы можете все агенты подключить к одному серверу, при этом на сервере создать группы по филиалам и на каждую группу распространить свой ключ. Для филиальных администраторов вы можете создать отдельных администраторов и назначить права на соответствующие группы.
Альтернативно, если на центральном сервере нужно не управление агентами, а только статистика по ним, можно настроить иерархические связи между серверами. Тогда на центральный сервер будет приходить статистика с дочерних, он будет раздавать им обновления, а также через выпадающий список можно будет переходить между их веб-интерфейсами, если вдруг потребуется более подробная информация.