Проблема решилась скачиванием репозитория виндовой утилитой. Итак по порядку:
1. Скачал утилитой репозиторий и упаковал ею же в zip.
2. Упакованный zip репозиторий импортирован через web-интерфейс сервера, другие варианты отпали, так как МСВС не сумел своими средствами распаковать архив.
3. После обновления репозитория появилась возможность обновить сам сервер до версии от 11.02.2017, что и было сделано успешно.
4. Обновились и клиенты после принудительного обновления всех клиентских компонент.
5. Судя по всему, линуксовый клиент перешел на вирусные базы версии 11, поэтому прекрасно проглотил все базы из репозитория и все проблемы обновления исчезли.
6. Однако появилась проблема отображения клиентов в браузере (ГОД, QupZilla)... но я очень надеюсь, что разработчики в следующем обновлении все поправят.
Всем спасибо.
Сообщение было изменено Jbanchic: 20 Февраль 2017 - 19:46