"Быстрая" проверка, это всегда компромисс между скоростью и надежностью. "Мои документы" проверять необходимо.
Почему это необходимо при старте программы?
Во-первых, это не нововведение, оно здесь с момента появления "быстрой проверки".
Старых версий у меня, конечно, не сохранилось, но помню, что называлось это, по-моему, "Экспресс-проверка" и проходилось довольно быстро. Хотя, может, "Мои документы" у меня подросли.
А во-вторых, не стоит драматизировать, у вас есть возможность остановить сканирование и начать новое - выборочное. Эпопеи здесь не просматривается - три кнопки нажать.
Но системные-то файлы проверять при старте действительно разумно, и мне бы хотелось убедиться, что с ними все в порядке. То есть остановить я хочу не раньше, чем будет проверено все, КРОМЕ папки "Мои документы". Это возможно, только если содержимое папки проверяется в самую последнюю очередь. Вы можете подтвердить, что это так?