Разбросанность файлов и ключей говорит об общей продуманности продукта и степени его завершенности.
Возьмите хотя бы лог файлы:
1. лог сетапа остается в папке темр user и при первой же чистке улетает.
Установка идёт с помощью MSI (MicroSoft Installer).
Где MSI хранит свои логи - это вопрос к MS.
2. лог сканера лежит в своей папке в юзере.
А где Вы предлагаете хранить лог программы, запущенной с правами пользователя?
3. 3 лога лежит в all user.
А где Вы предлагаете хранить лог программ, запущенных с правами системы?
4. event вообще в системе.
Это Вы о чём?
Часть этих папок по дефолту являются скрытыми...
Если для пользователя этот факт делает невозможным доступ к логам, то эти логи ему тем более не нужны.
А для отправки в ТП существует специальный модуль, который не только соберёт все логи (и не только их), но даже и упакует их в архив, чтобы пользователь не мучился ещё и с архивацией.
В юзере хранится дубликат инсталлера от сетапа - 134 МБ, плюс вы храните сетап - еще 134 МБ
Это Вы о чём?
Лазить по скрытым и совершенно неудобоваримым логам - удел авторов, раз уж они так эти логи придумали,
ну, может еще бетников.
Собственно Вы сами ответили на свои претензии насчёт логов - логи для ТП и для продвинутых пользователей, а остальным и знать ни к чему, где они лежат и что в них написано.