В дистрибутиве которой использую я проблем на несколько порядков меньше, и все равно я не ставлю обновление автоматически.
Во-первых, их там больше, во-вторых, он в принципе не позволяет устанавливать только исправления уязвимостей (если только не читать внимательно ченжлоги и ставить исправления выборочно, да и то только до поры, до времени, пока исправленный пакет не окажется существенно более высокой версии, чем старый, или пока он просто не откажется обновляться без обновления всей системы).
А вот что касается Debian/Ubuntu так вот там проблем намного больше, и они начинаются уже на самой ранней стадии.
Не знаю, что там не так с ранней стадией, но в любом случае для сервера эта самая ранняя стадия составляет тысячные доли от общего времени работы. Зато потом всё работает не хуже швейцарского хронометра (я, конечно, не о не-LTS версиях Ubuntu) и не требует ручного вмешательства, пока не подойдёт к концу срок поддержки. Но если ты привыкла к тамагочи-дистрибутиву, в такое сложно поверить, конечно. ☺