Жалко , что нельзя сразу в инсталляторе указать параметры подсоединения к серверу.
Я через SFX архив делал. Туда батник, сертификат и инсталлятор. В батнике прописывал start (drweb-agent-full-windows).exe /server (ip сервера), а сертификат если рядом с инсталлятором, то он его сам видит.