Ситуация аналогичная, тормозит сеть и system загружает процессора сервера под 100% (такая же ситуация собственно и на клиентских машинах). Отключение всех расширенных и т.п. настроек не помогло. Выяснилось, что файлы-pdf, в которых присутствуют маломальские намёки на ява-скрипты или цифровые подписи проверяются агентами по 2 минуты и более на самых быстрых машинах сети, в том числе и серверным агентом, чего раньше не было. А рабочих pdf-ов у нас тысячи!!! Выход был найден добавлением требуемого расширения, в данном случае pdf, в список исключаемых файлов в "DrWeb Сканер" и в список исключаемых путей в "Spider Guard" (+ "Разрешить маски" и "Разрешить относительные пути").
Небольшой пример лога:
[Проверяемый путь] C:\temp
C:\temp\test.pdf - архив PDF
>C:\temp\test.pdf/java_value_2f0b5[55] - архив HTML
>>C:\temp\test.pdf/java_value_2f0b5[55]/JavaScript.0 - OK
>C:\temp\test.pdf/java_value_2f0b5[55] - OK
>C:\temp\test.pdf/java_value_2f021[60] - архив HTML
>>C:\temp\test.pdf/java_value_2f021[60]/JavaScript.0 - OK
>C:\temp\test.pdf/java_value_2f021[60] - OK
....
и еще подобных строк около 340.
затем около 40 таких строк:
>C:\temp\test.pdf/encoded_stream_25905[624a] - OK
>C:\temp\test.pdf/encoded_stream_21164[457a] - OK
>C:\temp\test.pdf/encoded_stream_1c12b[40ba] - OK
>C:\temp\test.pdf/encoded_stream_18f3b[25ac] - OK
....
А потом еще предыдущего куска лога около 15000 строк. И это всё проверяется один файл!!!
исключение PDF файлов из проверки есть в корне неверное!
замечу, что у меня на ES 5.0 все проверяется БЕЗ ТОРМОЗОВ.
посему - надо смотреть, что конекретно у вас тупит.
позволю заметить, что много зверей залезает именно через PDF инъекции и уязвимости AbodeAcrobatReader...
выводы делайте сами