Результат действий 1+2 говорит, что вирус сидел у вас в автозагрузке, получая управление при каждом старте системы и активно препятствуя своему уничтожению, что видно из п. 3 ("галочки опять появлялись"). Теперь же, когда загрузка вируса была блокирована, удалось избежать и появления новых "галочек"...
В принципе, действия правильны. На всякий случай поставьте на свою систему фикс, отключающий авторан на флешках.
https://support.microsoft.com/ru-ru/kb/967715