Если вдруг кому интересно, сделал сначала
dpkg -r drweb-esuite
потом просто из под рута запустил tar.gz.run всё обновилось и завелось.
Заметил что пропала папка Installer из которой я делал шару drwesi$ для установки. Поэтому шару пришлось переместить в drwcs/webmin/installer. Это минус, хоть и не критичный.
Второе - автоматическое перенаправление на https включилось, из-за чего отпилился доступ через nginx до админки. Возиться с сертификатами было влом, поэтому просто убрал галку в настройках веб сервера, чтобы вернуть всё как было. Это не минус, потому что https штука полезная, на досуге надо конечно переделать на https.