Не понял. Если файлы заслуживают доверия, то они не могут быть подменены на вредоносное программное обеспечениено модифицированные?
Нет, так как хэш не будет одинаковым, а раз так, то такой файл не будет иметь репутацию и попадет под пристальное внимание мониторов, будет ограничен и предан анафеме.
Вот как пример, берем ехе шник программы AIDA64 :

Все гуд, у файла бешеная репутация, легальная подпись, вердикт от вирлаба все в совокупности.
Теперь побьем немного тот же ехе в блокнотике, просто открыв его в блокноте и не чего не меняя нажмем сохранить:

Конечно это не идеальный пример, но суть работы облака думаю понятна.
Даже если и так - за прошедшее время репутация файла в облаке может радикально поменяться.
Нет не может оно поменяться.
Сообщение было изменено run: 19 Сентябрь 2012 - 16:00