В принципе, run-пакет можно не удалять, просто после подключения репозитория выполните yum updateПосле обновления компонентов нужно будет снова собрать модуль ядра для спайдера
Выполнено.
Да, теперь Spider стал аггресивней и не только удаляет копию, но и вычищает весь каталог с вирьем.