Тут, видимо дело в том, что я наивно и простодушно полагал, мол, флешка и так уже отформатирована в родную "линуксовую файловую систему, что еще тебе надо?
Нет. Вы ведь писали исошник, значит там файловая система ISO9660. Кроме того, чтобы система могла грузиться в режиме UEFI, там есть фейковая таблица разделов, в которой записана информация о разделе, на котором находится загрузчик (причём этот "раздел" одновременно является файлом на всё той же ISO9660). Этот раздел очень маленький, его Вы и видите. И под виндой не увидите ничего больше, потому что она полагает флешки ущербными накопителями, и даже не пытается искать на них что-то кроме единственного раздела. Так что Вам надо или переразбить флешку, создав единственный раздел, занимающий всё пространство, или записать образ livecd тем же win32 disk imager'ом — это тоже будет работать.