Загрузчик общий на две системы, тут изоляции нет.
Система с vhd такая же система, как и с раздела. Может и так, и этак.
Зачем же загрузчик (скрытый 100МБ раздел) удалять?
vhd пока не подключен к системе инфицирован не будет, его можно и вовсе не подключать, можно подключить read-only.
Например, вам при серфинге в системе с физического диска стало нужно посмотреть что-то на vhd, вы его подключаете, и если ваша система с серфингом заражена или вы насерфите какую-нибудь гадость не отключив vhd, то можно поиметь непрятности.
Скорее всего проблемы будут от шифровальщика, кода он доберется до подключенного диска.
Но шифровальщик может и просто зашифровать весь vhd даже неподключенный.
Как выход - выносить vhd на отдельный раздел и не подключать его вовсе. Но тогда и надобность в vhd практически отпадает.
И проще поставив 1-ю систему, урезать ей раздел в менеджере диска, следом поставить 2-ю на свободное место. После загрузки скрыть раздел от другой системы. Так, наверное, проще и надежнее всего.
