Вообще настройки можно экспортироваать\импортировать.
По экспорту/импорту не знал что всё (включая файрвол) в одну кучу экспортируется/импортируется. Не подумал просто... Казалось, что файрвол отдельно логично было бы.
Ну и да, что-то ничего подобного я не припомню вообще за многие годы.
Так оно и работало исправно многие годы. И на текущей системе и на предыдущих. Вопросов никаких не было никогда.
1. О каком автоматическом обновлении идет речь? Баз или компонентов?
Вчера в релиз то ничего не выпускали, да и не могли, кроме баз. Разве что в бэту выкатывали что-то.
2. Правила для приложений физически пропадают из списка? Или сами правила есть, но они не работают?
3. Ранее экспортом\импортом настроек из другой системы не баловались?
4. Настройки полностью сбрасывать не пробовали?
1. Комп не каждый день сейчас работает. Обновление возможно прилетело и ранее, но комп включился 22-го.
2. Да, пропадают из списка. Т.е. после загрузки начинается куча запросов от системных (интерактивный режим). Сразу понимаешь, что что-то не так, идешь в правила, а там только то что успел создать после загрузки... 
3. Нет. Всегда чистая установка.
4. Нет.
Если еще раз всё сбросит, отчет для ТП скину.
Мысль возникла. Как поведут себя настройки если систему увести в гибернацию, но стартануть потом как заново (не из гибернации) ? Не получится конфликтов из-за не закрытых дескрипторов каких-то, веток реестра или что-то в этом роде ? Это единственное что могло совпасть со сбросом правил (из нестандартного использования).